Né à Alicante, Javier Zafra obtient son diplôme supérieur de basson avec les plus hautes distinctions et va par la suite compléter sa formation au Conservatoire royal de La Haye. En 1997, il est sélectionné comme bassoniste de l’European Baroque Orchestra. Dès lors, il est sollicité par la plupart des ensembles européens de musique ancienne.
Chambriste très actif, il est membre fondateur de l’octuor à vent Els Soonadors de Martin I Soler, premier basson du sextuor à vent Nachtmusique, ainsi que cofondateur et directeur artistique de l’orchestre Le Cercle de l’Harmonie à Paris.
Son interprétation du concerto KV191 de Mozart lors du prestigieux festival Mostly Mozart à New-York, a été recemment encensée par The New-York Times. Depuis 1999, il est Premier Basson du Freiburger Barockorchester, et se produit pratiquement dans le monde entier.